De structuur van een ondernemersvereniging is meestal dezelfde als bij de meeste andere verenigingen: er zijn een algemene ledenvergadering en een bestuur, dat afhankelijk van de grootte gesplitst kan zijn in een dagelijks bestuur en een algemeen bestuur. Ook zijn er vaak aparte commissies voor bijvoorbeeld de kascontrole of het organiseren van evenementen.

Voor de contributiebepaling bestaan er verschillende methodes om rekening te houden met de verschillen in grootte van de leden. Zo kan er contributie geheven worden naar rato van de oppervlakte of van de gevellengte van een bedrijf, of op basis van een combinatie van deze en andere factoren.